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現場によって状況が異なりますので、可能性のある原因というのはいくつか上がるのかもしれません。
実際に工事をされた工事業者さんに一度現場を見ていただくことが好ましいかと思っています。

基礎パッキン工法なので、本来であれば、通気層を設けてるので、湿気対策にもなりますので、
安心ではありますが、実際の施工状況なども再度確認しても良いかと思います。
また、基礎と排水管などの貫通口の問題なども
結露原因の一因になるとも言われています。
床上の居住空間の加湿器等含めた湿気や温度の空気の流れなども床下結露問題には関係が結構あります。他にも細かく結露原因はあるはずですので。

1つ1つ工事業者と調べて頂いた方が良いかもしれません。